Pisllëqet përbëjnë ushqim për algat e liqenit të cilat po përhapen gjithnjë e më tepër duke ua thithur oksigjenin e ujit peshqve, ngjalave e gaforreve. Si pasojë është ulur dukshëm numri i këtyre të fundit.

Në shumë vende bregu është tërhequr.

Studimet e bëra nga ekspertë të Institutit të Hidrobiollogjisë së Ohrit kanë treguar se uji i liqenit përmban përqindje tepër të larta fosfori që e ndot atë më tepër. Shkaktar për këtë bëhet zbrazja e ujrave të zeza drejtpërdrejt në liqen si rasti i qytetit të Pogradecit që ka 40 mijë banorë.
Po punohet për gjetjen e mundësisë që të gjithë vendbanimet përgjatë bregut të liqenit si ato shqiptare edhe ato maqedonase të lidhen me një kompleks pastrimi ujrash të zeza dhe asgjësimi mbeturinash që do t´ia hiqte liqenit një pjesë të barrës.

Një hap tjetër përpara po bëhet në shtimin në mënyrë artificiale të peshqve.

Banka Botërore, Qeveria Zviceriane, Global Environmental Facility (GEF), Instituti Gjerman i Kredive dhe Euronatur po japin një shumë prej disa miljonë dollarësh për këtë projekt që synon që nëpërmjet një bashkëpunimi shqiptaro-maqedonas të mbrohet natyra e këtij liqeni.